Первоначально был создан в 1984 году как Центр по изучению музыкальной культуры Сибири и Дальнего Востока Новосибирской государственной консерватории. В 1992 году получил название Центр этномузыковедческих исследований Северной Азии. С 1984 по 1993 г. работой центра руководил Ю.И. Шейкин